Pada zaman ini Jenghis Khan dan keturunannya datang menghancurkan dunia Islam. Jenghis Khan berasal dari Mongolia. Setelah menduduki Peking di tahun 1212 M, ia mengalihkan serangan-serangannya ke Arah Barat. Satu demi satu kerajaan-kerajaan Islam jatuh ke tangannya.
Transoxania dan Khawarizm dikalahkan di tahun 1219/20 M. Kerajaan Ghazna pada tahun 1221 M, Azarbaijan pada tahun 1223 M dan Saljuk di Asia Kecil pada tahun 1243 M dari sini ia meneruskan serangan-serangannya ke Eropa dan Rusia.
Transoxania dan Khawarizm dikalahkan di tahun 1219/20 M. Kerajaan Ghazna pada tahun 1221 M, Azarbaijan pada tahun 1223 M dan Saljuk di Asia Kecil pada tahun 1243 M dari sini ia meneruskan serangan-serangannya ke Eropa dan Rusia.
Serangan ke Baghdad dilakukan oleh cucunya Hulagu Khan. Khurasan di Persia terlebih dahulu ia kalahkan dan baru Hasysyasyin di Alamut ia hancurkan. Khalifah dan keluarga serta sebagian besar dari penduduk dibunuh. Beberapa dari anggota keluarga Bani Abbas dapat melarikan diri dan diantaranya akhirnya ada yang menetap di Mesir.
Dari sini Hulagu meneruskan serangannya ke Syiria dan dari Syiria ia ingin memasuki Mesir. Tetapi di Ain Jalut (Goliath) ia dapat dikalahkan oleh Baybars, Jenderal Mamluk dari Mesir, di tahun 1260 M.
Baghdad dan daerah yang ditaklukkan Hulagu selanjutnya diperintah oleh Dinasti Ilkhan. Ilkhan adalah gelar yang diberikan kepada Hulagu. Daerah yang dikuasai Dinasti ini ialah daerah yang terletak antara Asia Kecil di Barat dan India di Timur. Dinasti Ilkhan berumur dengan 100 tahun. Hulagu bukanlah beragama Islam dan anaknya Abaga (1265 – 1281 M) masuk Kristen. Diantara keturunannya yang pertama masuk Islam yaitu cucunya Tagudar dengan nama Ahmad, tetapi mendapat tantangan dari para jenderalnya.
Ghasan Mahmud (1295-130 M) juga masuk Islam dan demikian juga Uljaytu Khuda Banda (1305-1316 M). Uljaytu pada mulanya beragama Kristen dan adalah Raja Mongol besar yang terakhir. Kerajaan yang dibentuk Hulagu akhirnya pecah menjadi beberapa kerajaan kecil, diantaranya kerajaan Jaylar (1336 – 1411 M) dengan Baghdad sebagai ibu kota, Kerajaan Salghari (1148 – 1282 M) di Faris, dan Kerajaan Muzaffari (1313 – 1393 M) juga di Faris.
Timur Lenk, seorang yang berasal dari keturunan Jengis Khan dapat menguasai Samarkand di tahun 1369 M. dari Samarkand ia mengadakan serangan-serangan ke sebelah barat dan dapat menguasai daerah-daerah yang terletak antara Delhi dan Laut Marmara. Dinasti Timur Lenk berkuasa sampai pertengahan kedua dari abad ke 15. Keganasan Timur Lenk digambarkan oleh pembunuhan massal yang dilakukannya di kota-kota yang tidak mau menyerah tetapi melawan kedatangannya.
Di kota-kota yang telah ditundukkan ia dirikan piramid dari tengkorak rakyat yang dibunuh. Di Delhi misalnya ia bunuh 80.000 dari penduduknya. Di Aleppo lebih dari 20.000 orang. Mesjid-mesjid dan madrasah-madrasah dihancurkan. Dari Mesjid Umawi di Damaskus hanya dinding yang tinggal. Setiap yang ia datangi, ia hancurkan.
Di kota-kota yang telah ditundukkan ia dirikan piramid dari tengkorak rakyat yang dibunuh. Di Delhi misalnya ia bunuh 80.000 dari penduduknya. Di Aleppo lebih dari 20.000 orang. Mesjid-mesjid dan madrasah-madrasah dihancurkan. Dari Mesjid Umawi di Damaskus hanya dinding yang tinggal. Setiap yang ia datangi, ia hancurkan.
Di Mesir, khilafah Fatimiah digantikan oleh Dinasti Salahuddin Al-Ayubi pada tahun 1174 M. dengan datangnya Salahuddin, Mesir masuk kembali ke aliran Sunni. Aliran Syi’ah disana hilang dengan hilangnya khilafah Fatimiah. Salahuddin dikenal dalam sejarah sebagai pahlawan Islam dalam Perang Salib.
Dinasti Al-Ayubi jatuh pada tahun 1250 M dan kekuasaan di Mesir berpindah ke tangan kaum Mamluk. Kaum Mamluk ini berasal dari budak-budak yang kemudian mendapatkan kedudukan tinggi dalam pemerintahan Mesir. Sultan Mamluk yang pertama adalah Aybak (1250-1257 M), dan salah satu yang termasyhur di antara mereka adalah Sultan Baybars (1260 – 1277 M) yang dapat mengalahkan Hulagu di ‘Ain Jalut. Kaum Mamluk berkuasa di Mesir berpindah ke tangan kaum Mamluk.
Kaum Mamluk ini berasal dari budak-budak yang kemudian mendapat kedudukan tinggi dalam pemerintahan Mesir. Kaum Mamluk berkuasa di Mesir sampai tahun 1517 M. Merekalah yang membebaskan Mesir dan Syiria dari peperangan Salib dan juga yang membendung serangan-serangan kaum Mongol di bawah pimpinan Hulagu dan Timur Lenk, sehingga Mesir terlepas dari serangan seperti yang terjadi di dunia Islam lain.
Kaum Mamluk ini berasal dari budak-budak yang kemudian mendapat kedudukan tinggi dalam pemerintahan Mesir. Kaum Mamluk berkuasa di Mesir sampai tahun 1517 M. Merekalah yang membebaskan Mesir dan Syiria dari peperangan Salib dan juga yang membendung serangan-serangan kaum Mongol di bawah pimpinan Hulagu dan Timur Lenk, sehingga Mesir terlepas dari serangan seperti yang terjadi di dunia Islam lain.
Di India juga persaingan dan peperangan untuk merebut kekuasaan selalu terjadi sehingga India senantiasa menghadapi perubahan penguasa. Dinasti baru berkuasa untuk kemudian dijatuhkan dan diganti oleh yang lain. Kekuasaan Dinasti Ghaznawi dikalahkan oleh pengikut-pengikut Ghaur Khan, yang juga berasal dari salah satu suku bangsa Turki. Mereka masuk ke India tahun 1175 M, dan bertahan sampai tahun 1206 M. India kemudian jatuh ke tangan Qutbuddin Aybak, yang selanjutnya menjadi pendiri Dinasti Khalji (1296 – 1316 M), selanjutnya Dinasti Tughluq (1320 – 1413 M) dan dinasti-dinasti lain, sampai Zhahiruddin Babur datang pada permulaan abad XVI dan membentuk Kerajaan Mughal di India.
Di Spanyol timbul peperangan antara Dinasti-Dinasti Islam yang ada di sana dengan raja-raja Kristen. Di dalam peperangan itu raja-raja Kristen dapat memakai politik adu-domba antara dinasti-dinasti Islam tersebut. Sebaliknya raja-raja Kristen bergabung menjadi satu, dan akhirnya demi satu dinasti-dinasti Islam dapat dikalahkan. Cordova jatuh di tahun 1238 M. Seville di tahun 1248 M, dan akhirnya Granada jatuh di tahun 1491 M. orang-orang Islam dihadapkan pada dua pilihan, masuk Kristen atau keluar dari Spanyol. Di tahun 1609 M boleh dikatakan tidak ada lagi orang Islam di Spanyol. Umumnya mereka pindah ke kota-kota di pantai Utara Afrika.
Pada masa ini desentralisasi dan disintegrasi dalam dunia Islam meningkat. Di zaman ini pula hancurnya khilafah secara formal. Islam tidak lagi mempunyai khalifah, yang diakui oleh semua umat sebagai lambang persatuan dan ini berlaku sampai Kerajaan Usmani mengangkat khalifah yang baru di Istambul di abad ke 16 M. Bagian, yang merupakan pusat dunia Islam, jatuh ke tangan bukan Islam buat beberapa waktu. Dan terlebih dari itu, Islam lenyap dari Spanyol.
Perbedaan antara kaum Sunni dan kaum Syi’ah menjadi memuncak. Demikian pula antara Arab dan Persia. Dunia Islam terbagi dalam dua bagian; bagian Arab yang terdiri atas Semenanjung Arabia, Irak, Suria, Palestina, Mesir, Afrika Utara dan Sudan dengan Mesir sebagia pusatnya; dan bagian Persia yang terdiri atas daerah Balkan, Turki, Persia, Turkistan dan India dengan Persia pusatnya. Kebudayaan Persia meningkat di dunia Islam bagian Persia serta mengambil bentuk internasional dan dengan demikian mulai mendesak bidang kebudayaan Arab.
Di samping itu pengaruh tarekat-tarekat bertambah mendalam dan bertambah meluas di dunia Islam. Pendapat yang ditimbulkan di Zaman disintegrasi bahwa pintu ijtihad telah tertutup diterima secara umum di zaman ini. Antara mazhab yang empat terdapat suasana damai dan di madrasah-madrasah diajarkan mazhab yang empat. Perhatian pada ilmu-ilmu pengetahuan sedikit sekali. Tetapi sebaliknya Islam mendapat pemeluk-pemeluk baru di daerah-daerah yang selama ini belum pernah dimasuki Islam.
Ke daerah Balkan Islam dibawa oleh Usman, seorang Kepala suku bangsa Turki yang menetap di Asia Kecil. Usman dan anak buahnya pada mulanya mengadakan serangan-serangan terhadap kerajaan Bizantium di Asia Kecil. Sebelum meninggal di tahun 1326 M, Bursa telah dapat dikuasainya. Serangan-serangan diteruskan oleh anaknya Orkhan I (1326 – 1357M) sampai ke bagian timur dari benua Eropa.
Benteng Tzimpe dan Gallipoli jatuh ke tangannya. Sultan Murad I (1359 – 1389 M) menaklukkan Adrianopel di tahun 1365 M. kota ini kemudian dijadikan ibu kota. Tidak lama sesudah itu Macedonia jatuh ke bawah kekuasaannya. Di tahun 1385 M Sofia, ibu kota Rumnia diduduki. Dengan demikian kesultanan kecil yang dibentuk oleh Usman berubah menjadi kerajaan besar yang kemudian dikenal dalam sejarah dengan nama kerajaan Usmani (Ottoman Empire).
Benteng Tzimpe dan Gallipoli jatuh ke tangannya. Sultan Murad I (1359 – 1389 M) menaklukkan Adrianopel di tahun 1365 M. kota ini kemudian dijadikan ibu kota. Tidak lama sesudah itu Macedonia jatuh ke bawah kekuasaannya. Di tahun 1385 M Sofia, ibu kota Rumnia diduduki. Dengan demikian kesultanan kecil yang dibentuk oleh Usman berubah menjadi kerajaan besar yang kemudian dikenal dalam sejarah dengan nama kerajaan Usmani (Ottoman Empire).
Sultan Bayazid (1389-1402 M) memperluas daerah kekuasaan Kerajaan Usmani di Eropa dengan menaklukkan sebagian dari Yunani dan daerah-daerah Eropa Timur sampai ke perbatasan Hongaria Salonika dikuasai kemudian oleh Sultan Murrad II (1421-1451 M) dan dari sana ia masuk ke Albania. Kemajuan-kemajuan lain dibuat oleh sultan-sultan yang datang sesudahnya.